"Kyle XY", ormanda gizemli bir şekilde beliren ve aşk, nefret gibi duygulara sahip olmayan bir gencin yaşadıklarına odaklanıyor...

Mavi ve şaşkın gözlerle sanki bize doğru bakan resimdeki gencin göbek deliği yok. Adı Kyle... Ama nereden geldiği, kim olduğu ve neden bir göbek deliği olmadığı bilinmiyor...

Giizemli bir şekilde ormandan çıkagelen 16 yaşındaki Kyle, yeni doğmuş bir bebeği andırmaktadır. Adı yoktur, anıları da... Geçmişine dair hiçbir şey hatırlamaz. Sanki dünyaya ilk kez bakıyordur. Onu sahip çıkacak kimse olmadığı için polis tarafından, gençlik ıslahevine gönderilir. Burada Kyle adı verilen kahramanımız, psikolog Nicole Trager'ın (MacIntyre) gözetimine alınır, ancak psikolog çabucak bu çocuğun, diğerlerinden farklı olduğunu ve özel bir ilgiye ihtiyaç duyduğunu anlar; Kyle'ın aşk, nefret ve neşe gibi insanı hal ve davranışları yoktur... Ve iyi kalpli sosyal görevli, onu ailesiyle birlikte yaşaması için evine götürür. Kısa sürede ailenin tüm fertleri, Kyle'da özel bir şeyler olduğunu ve onun esrarengiz yeteneklere sahip olduğunu anlamaya başlarlar...